治疗
患者需尽早隔离休息，如同对待乙型脑炎，补充液体和营养，精心护理是首要任务。
针对出现的各种症状，我们需进行对症治疗。对于高烧、昏迷、抽搐、呼吸衰竭等症状，可参照B脑治疗。其中，对于高热，可以采用空调室内冷却法或输入低温液体进行冷却。面对森林脑炎引发的呼吸麻痹，若及时使用气管切开和呼吸机，部分患者的呼吸肌功能有望恢复。尤其是对于那些脑膜脑炎和脑干引起的中枢呼吸衰竭的患者，虽然气管切开可以延长生命，但严重的病变髓损伤可能难以恢复，预后情况不容乐观。有医学报告指出，早期短期使用肾上腺皮质激素配合脱水剂，及时降低颅内压，对治疗脑膜炎引起的反复抽搐、脑水肿、呼吸衰竭具有显著效果，可以降低死亡率。但需要注意的是，肾上腺皮质激素对病毒并无抑制作用，且可能影响身体的免疫功能，因此使用时需权衡利弊。
在病原治疗方面，国外关于干扰素和干扰素诱导剂（如poly I∶C）的报告在动物实验中显示出满意疗效，但仍需临床进一步观察。核酸酶制剂可以选择性地破坏病毒的核酸合成，干扰病毒的复制而不损害身体细胞。在使用前，先进行皮肤过敏试验，阴性者方可使用。近年来，利巴韦林在国内的早期应用也取得了良好的疗效，而中药板蓝根等成分的方剂在退热、缩短病程、恢复等方面表现优异。
免疫疗法是另一重要治疗手段。研究发现，森林脑炎患者的细胞免疫功能明显低于正常人，其细胞免疫功能与临床表现和预后转移有关。可以选择使用免疫促进剂如免疫核糖核酸、胸腺素、转移因子等。对于恢复期患者或长期居住在林区的工作人员，可在疾病初期进行血清治疗，有一定疗效。
关于并发症及后遗症的治疗，如患者出现支气管肺炎，应使用抗生素进行治疗。对于瘫痪后遗症患者，可以采取针灸、按摩、热敷、电疗、体疗等综合治疗措施。
预后
未经早期治疗的病例死亡率可高达20%左右，且重症患者后遗症较多。
