1. 递弱代偿原理的质疑
王东岳在《物演通论》中提出的"递弱代偿"理论认为：万物演化趋向结构复杂化但生存能力递减，人类作为最高级形态将面临环境崩溃。该理论被指存在逻辑起点问题——将"万物求存"作为未经证实的猜想，且未能解释为何原始生命形态仍大量存在。其论证方式也被批评为循环论证，即用自然科学材料佐证理论时已预设唯物主义前提。
2. 东西方思想融合的局限性
有学者指出，王东岳虽涉猎中国传统文化（如《道德经》《黄帝内经》），但主要采用西方还原论方法解构，对中国"天人合一"整体观、阴阳五行等辩证思维理解不足，导致对中医等传统学问的评判存在偏颇。其理论未充分纳入当代中医治疗艾滋病、五运六气预测流行病等实践成果。
1. 自然主义路径的缺陷
其学说被指混淆自然哲学与本体论，用自然科学材料替代哲学思辨，导致理论受科学可证伪性牵连。例如将哲学与科学的差异简单归结为"信息量不同"，实为孔德实证主义的复述，未考察该理论本身的有效性。
2. 悲观结论的社会影响
人类终将灭亡"的论断引发担忧。反对者认为这种推论忽视技术革新可能性（如巴黎协定应对气候变暖），且实操层面无法公平分配发展权。亦有观点指出其未考虑太阳活动周期等自然变量对气候的影响。
1. 思想解放的象征意义
支持者视其为打破学术僵局的"号角"，赞赏其挑战传统思维的勇气，认为争议本身即推动思想市场活跃的价值。
2. 受众认知的筛选效应
批评声音指其受众多属"哲科盲兼伪科技狂"，理论传播依赖碎片化视频的感性说服而非理性验证。关于中国人自卑心理的分析也被指脱离现实，99.5%的普通人对此类议题并无兴趣。
需注意的是，王东岳本人多次强调其理论属哲学思辨而非科学结论，但学界争议焦点恰在于其大量引用科学论据支撑哲学命题的论证方式是否成立。
