这是目前最受关注的原因之一。研究表明，自闭症具有明显的家族聚集性，若家族中有自闭症患者，后代患病风险显著增加。同卵双胞胎的同病率高达82%，而异卵双胞胎仅为10%，说明遗传因素占主导地位。部分病例与染色体异常（如脆X综合征）或多基因突变相关，尤其是2号、7号、15号染色体的异常可能增加患病风险。
母亲怀孕期间的环境和健康状况对胎儿神经发育影响重大：
部分自闭症患儿存在脑区连接异常或结构发育问题，如小脑偏小、胼胝体发育不良等。神经递质（如多巴胺、5-羟色胺）代谢紊乱也可能影响社交和认知功能。
如肠道菌群失衡、线粒体功能障碍等新兴研究方向，仍需更多证据支持。
若家长发现孩子有社交障碍、语言发育迟缓等表现，建议尽早就诊干预。目前自闭症无法通过单一预防措施完全避免，但孕期保健（如避免感染、合理用药）和遗传咨询可降低部分风险。
