自实施“养廉银政策”以来，其背后隐藏的重大隐患逐渐显现。这一政策的资金来源是“耗羡银”，而耗羡银本质上并非朝廷的正当收入。养廉银的实施实质上是通过征收耗羡银的方式，将财政压力转嫁到民众身上，从而加重了人民的负担。
雍正帝在推行耗羡归公的政策时，始终致力于在全国范围内降低耗羡的征收比率，以减轻人民压力。即使是一成比率的征收标准，对民众而言也是沉重的负担。养廉银从一开始就面临着财源不合理的问题。究其根本，是将本应由国家财政承担的养廉银数额转嫁到民众身上，将原本任意滥征的耗羡银以国家规定的形式变为公开征收。这也预示着养廉银制度无法实现长久养廉的目的。
养廉银的初衷是暂时解决耗羡滥征问题，作为惩治腐败的一种权宜之计。该政策的实施使得国库逐渐充盈，有效限制了地方官员的权力，为雍正帝整顿朝廷腐败提供了帮助。养廉银在实施过程中面临诸多尴尬境地。作为一种权宜之计，养廉银整体上不完善，缺乏完整的实施和监察体系。养廉银在实施过程中存在的弊端并不能从根本上解决耗羡征收给人民带来的压榨。
在实施初期，养廉银在全国范围内取得了较好效果，但渐渐背离了“权宜之计”的初衷。养廉银在实践中未能真正实现“养廉”，为养廉银立法的失败埋下了伏笔。其首要问题在于财源不合法，并非朝廷收入的正当来源，这严重违背了公正原则。公正原则是制度实施的前提和基础，只有满足公平公正，才能谈及其他。
在实践中，统治阶级也会利用公正来维持其统治地位，但这可能会损害其他群体的既得利益。如何把握公正的合理限度，让公正最大限度地发挥其效用是历朝历代统治者必须考虑的问题。如果超出应有的限度，统治者可能会受到反噬，无法实现预期目标。只有在合理的限度内，公正才能真正存在。
在官员俸禄中，公正原则体现在财源问题上。国家的运转和公共事务的运行需要依靠税收来支撑。养廉银的财源并非国家的正税收入，而是在正税之外向人民多征收的钱财，缺乏公正的理论基础。缺乏公正的支撑，养廉银的实施注定不能长久。
高薪养廉在实践过程中不应通过转嫁到底层人民身上的方式来实现，而应由国家财政支出解决财源来源的不合法问题。官员的工资应与国家财政负担相结合，不能一味地提高官员工资而不考虑财政压力。
除了财源来源不合理之外，耗羡征收的方式也极为不合理。养廉银从山西推广至全国后，采用统一模式，即将耗羡从各地收集到“司库”，然后再从司库向各地发放。此举虽限制了地方官员在耗羡征收时的自由裁量权，并在全国范围内调整了不同地区的养廉银数额，但其弊端是无法阻断领取养廉银和耗羡银人员之间的联系。往往是收取俸禄的人员是领取养廉银人员的下属，这其中就存在潜在的问题和矛盾。雍正时期，为了统一管理和发放养廉银，采取了提解后发放的模式。这种模式在实际操作中显得费时费力，同时也增加了一定的经济开销。为了解决这一问题，雍正帝对养廉银的收取和发放模式进行了调整。州县以下的养廉银不再经过繁琐的统一提解和发放程序，而是采取就近收取并直接发放的方式。这一改革在很大程度上解决了养廉银操作过程中的繁琐和耗时问题。
乾隆时期的养廉银就近发放模式存在更为明显的弊端。这一模式的实施者和利益享有者是一体的，中间缺乏有效的监管和制约机制。从法学原理的角度来看，公共利益是公权力存在的基础，但权力主体不应直接涉及利益内容，否则容易引发腐败问题。
监督是抑制腐败的有效手段，需要在权力主体和利益内容之间建立一道屏障，以防止腐败的发生。养廉银立法在这方面存在明显的缺陷。在封建体制下，官僚集团历来具有较大的地位和势力。养廉银就近发放的模式容易导致权力滥用和腐败问题，严重违背了养廉银设立初衷。
在乾隆时期，许多地方的督抚以各种理由将收取的养廉银私吞，实际上，州县官员所获得的养廉银往往只有一半甚至更少。这种情况使得国家对养廉银的管理和把控存在严重问题。一些州县官员在收取养廉银时私自扣留部分资金，仅将剩余部分上交国家。由此可见，一旦布政司将养廉银发给各州县，州县官员实际上已经掌握了这些资金。
养廉银在实践过程中还存在其他问题。能获得养廉银的官员数量有限，只有地方官员才有资格领取。一些地方官员并不具备领取养廉银的资格。这些官员的薪资普遍较低，且没有补贴。由于养廉银制度的实施阻断了他们从耗羡中获得的好处，一些地方官吏采取其他方式向百姓收取费用，这使得百姓的负担并没有减轻，甚至可能加重。
养廉银制度在实践过程中存在诸多问题和弊端。为了解决这些问题，需要加强对权力的监督和制约，完善制度建设，确保公共利益的实现。也需要关注民生问题，确保政策的实施不会加重百姓的负担。
