1. 脑肠轴理论
研究表明肠道与大脑通过"脑肠轴"（Gut-Brain Axis）存在双向联系。肠道菌群产生的代谢物（如短链脂肪酸）可能通过神经、免疫和内分泌途径影响大脑发育与功能。部分自闭症儿童存在肠道菌群紊乱，可能加剧注意力不集中、冲动行为等症状。
2. 争议性发现
研究（如澳大利亚昆士兰大学团队）指出，自闭症与肠道菌群之间尚未发现直接因果关系，但自闭症儿童的挑食倾向可能导致饮食单一化，进而减少肠道菌群多样性。肠道菌群差异更可能是自闭症饮食偏好的结果而非原因。
3. 干预可能性
部分临床尝试通过改善肠道菌群（如粪菌移植、益生菌补充）辅助缓解自闭症症状。例如中国人民解放军总医院曾开展肠菌胶囊移植的临床试验，通过调节菌群平衡症状改善机制。但需注意，这类疗法需配合专业行为干预和教育训练。
当前研究仍存在局限性，建议家长在医生指导下综合评估干预方案，避免过度依赖单一疗法。
