粪菌移植(Fecal Microbiota Transplantation, FMT)作为一种新兴的治疗方法，近年来在上海地区被广泛应用于自闭症谱系障碍(ASD)儿童的治疗中。上海多家医疗机构已开展相关临床研究和治疗项目，并取得了一定成效。
上海市第十人民医院和上海儿童医院是上海地区开展粪菌移植治疗自闭症的主要医疗机构。上海市第十人民医院儿科和肠道微生态诊治中心已对100余例自闭症患儿进行了儿童粪菌移植和小肠液移植，是上海目前完成粪菌移植治疗自闭症例数最多的医疗中心。该院采用的治疗方案通常包括四个疗程(每个疗程一个月)，初步统计显示伴有胃肠道症状的患儿有效率可达60%左右，而联合小肠液移植的有效率可以提升至70%以上。
上海儿童医院于2021年10月20日首次开设肠菌移植MDT门诊，由消化科联合儿保科、营养科专家共同坐诊，对自闭症患儿进行评估和治疗。该院消化科主任张婷表示，医院已对4个自闭症伴有消化道症状的患儿进行肠菌移植治疗，四个孩子消化道症状均得到不同程度的缓解，其中三个孩子核心症状也得到部分改善。
临床观察表明，粪菌移植对自闭症儿童的多方面症状都有改善作用。根据上海市第十人民医院的报告，接受治疗的患儿在睡眠质量、排便情况以及行为语言方面都有所改善。具体表现为：
一个典型案例是13岁的茅茅(化名)，在接受四个疗程的粪菌移植联合小肠液移植治疗后，他从不愿睡午觉变为每周可以午睡1-2次，来复诊时还能主动给医生送上自己写的祝福卡。另一个10岁男孩小屹在接受近3个月的肠菌胶囊治疗后，开始主动与同龄小伙伴接触，参与户外活动如游泳和羽毛球，同时恶心、腹胀和便秘等症状也不再困扰他。
粪菌移植治疗自闭症的理论基础是"肠-脑轴"机制。研究表明，自闭症儿童与正常儿童的肠道菌群存在显著差异，肠道微生物可能通过改变肠道与大脑信号沟通的神经递质水平，从而影响大脑的功能。
上海市第十人民医院的研究团队对自闭症患儿的粪便进行了菌群测序，发现其菌群结构不同于正常儿童；而给小鼠喂食自闭症患儿的粪便，可以发现其逐渐出现自闭症的相关表现，这进一步验证了肠道菌群失衡可能是导致自闭症发生的原因。
上海的粪菌移植治疗主要有两种形式：
1. 粪菌胶囊口服：将健康供体的粪便经过搅拌、过滤、混合溶剂、离心、浓缩等步骤后获得浓缩粪菌，制成胶囊供患者吞服。这种方法无需住院，当天就能拿到一个疗程的胶囊。
2. 联合小肠液移植：需要先从家长身体中抽取小肠液，再制作成胶囊，通常需要住院3到5天。这种方法来源较少，每次至少需要提取750ml以上才能用于一个疗程。
为规范菌群移植技术的临床应用，上海市卫健委于2021年9月发布了《上海市菌群移植技术管理规范(2021年版)》，对医疗机构基本要求及人员基本要求进行了明确规定。文件指出，在应用粪菌治疗的疾病中，包括了精神系统疾病如自闭症、情绪障碍、多动症、抽动症等。
2024年，上海在粪菌移植治疗自闭症领域取得了多项重要研究成果。上海第十人民医院关于FMT治疗自闭症谱系障碍的临床研究结果发表在Cell Host Microbe上，该研究采用物种基因组分箱(SGB)分析算法分析了FMT治疗前后的自闭症患者肠菌亚种，发现供体与受体微生物间的相互作用对治疗响应至关重要。
解放军总医院(301医院)杨光教授团队2024年8月发表的一项临床研究，首次以随机、双盲、安慰剂对照的实验设计，验证了口服肠菌移植在治疗孤独症谱系障碍儿童中的有效性和安全性。研究显示FMT能够显著改善孤独症儿童的核心临床症状，并且具有良好的安全性。
未来，上海儿童医院计划扩大捐赠胶囊治疗自闭症的规模，今年计划对60名自闭症孩子免费进行肠菌移植治疗。医疗机构也呼吁更多的健康市民加入到肠菌移植的捐赠队伍中来，以帮助更多需要帮助的家庭。
